Stjórn Héraðsskjalasafns Austfirðinga er skipuð fjórum fulltrúum, einum frá hverju aðildarsveitarfélaga safnsins, og jafn mörgum til vara.
Núverandi stjórn Héraðsskjalasafnsins tók sæti á aðalfundi safnsins 2022 og er skipuð eftirtöldum fulltrúum:
Fyrir Fjarðabyggð: Jón Björn Hákonarson, formaður
Fyrir Fljótsdalshrepp: Gunnþórunn Ingólfsdóttir
Fyrir Múlaþing: Þórhallur Borgarsson
Fyrir Vopnafjarðarhrepp: Bjartur Aðalbjörnsson
Varamenn í stjórn eru:
Fyrir Fjarðabyggð: Gunnar Jónsson
Fyrir Fljótsdalshrepp: Róshildur Ingólfsdóttir
Fyrir Múlaþing: Ester Sigurðardóttir
Fyrir Vopnafjarðarhrepp: Sigrún Lára Shanko